Храм Іоана Богослова належав відділу Чернігівського обласного архіву. З 1926 року тут зберігалися архівні документи, які стосуються історії Ніжина та Ніжинщини. Зараз архів перенесли, а храм передали православній громаді.

Споруда дійшла до наших днів у первісних формах ще з 1752 р. Вона побудована на місці дерев'яного храму ще з 1619 р.  У 1787 -1804 роках у церкві служив священиком батько уродженця Ніжина, всесвітньо відомого мореплавця Юрія Лисянського. У дворі церкви зберігся будинок священика Ф. Лисянського.

В 2019-му влада Ніжина надала архіву аварійне приміщення колишнього 11-го училища під сховище, куди з церкви Іоана Богослова перевезли архівні справи.

4 квітня 2019 року Чернігівською обласною радою було прийнято рішення про передачу церкви Чернігівській єпархії ПЦУ.

За словами чернігівського архієпископа Євстратія Зорі та настоятеля Катерининської церкви м. Чернігова Євгена Орди, храм передано асирійській громаді Ніжина.

Начальник управління містобудування та архітектури Чернігівської ОДА Олександр Дмитрук озвучив суму, яка необхідна для поточних реставраційних робіт — 10-20 млн.грн. Востаннє реставраційні роботи проводились тут у 1954—1955 роках.

Офіційне передання храму в руки громади відбулося сьогодні, 18 квітня. На урочистість прибули народний депутат України Олександр Кодола, керівництво Чернігівської ОДА, місцеві керманичі, наковці, духовенство та віряни. Перше, за 93 роки, молитовне слово у цьому храмі мовив Високопреосвященніший архієпископ Євстратій (Зоря) разом із священиками Чернігівської єпархії.

Уже  21 квітня о 10:00 на першому поверсі церкви звершать Божественну літургію.